Ik vraag me af of het ook mogelijk is om in een Apache configuratie
(de .conf files of .htaccess files) een enkele file te specificeren
waar acties aan moeten hangen (authenticatie in dit geval).

Ik heb de <Directory> <Location> en <Files> directives uitgebreid
bestudeerd maar alles wijst er op dat je altijd praat over een
directory EN ALLE SUBDIRECTORIES als je iets instelt.

Bijv als ik <Files "index.pl"> neerzet in een .htaccess file in een
bepaalde directory, dan werkt dit niet alleen voor de index.pl in
die directory maar ook voor alle eventuele index.pl files in
subdirectories daarvan.

Is er werkelijk geen enkele mogelijkheid om dit tegen te gaan?

Ik zie nergens een mogelijkheid om een volledige pathname of URL
op te geven en dan alleen op die file te werken en verder nergens
op.