In /usr komen alle files van klanten (/usr/home) dus die wil je zo groot mogelijk hebben. Ik zou doen:

100MB /
50 MB /boot
1 GB /tmp
4 GB /var (alle mysql DB's komen hierin)
Al het overige naar /usr

Dit is trouwens voor freebsd, weet niet of op linux /home een symlink is naar /usr/home, als dat niet zo is moet je al het overige naar /home doen en /usr een paar GB geven voor software.