Wat ik nog mis...
AutoMySQLBackup http://sourceforge.net/projects/automysqlbackup/ voor het maken van een dagelijkse dump van je mysql databases.
Als je dat gebruikt in combinatie met master slave replicatie en de met MySQL meegeleverde utility mysqlbinlog kun je tot op de seconde (tot op de query zelfs) nauwkeurig je mysql database restoren als iemand een verkeerde update of delete gegeven heeft. Zeer handig.
Wat ik ook nog niet gezien heb is de bash functie 'history' om een overzicht te krijgen van de commando's die je hiervoor uitgevoerd hebt.
Verder gebruik ik nog subversion en sudo en grep en free enne stond vi er al bij?