PDA

Bekijk Volledige Versie : centos yum update error



anouk
19/05/09, 11:02
hoi,

Ik krijg een error voor een update met centos
iemand een idee hoe ik dit kan verhelpen?

---
filelists.xml.gz | 3.5 MB 00:13
filelists.xml.gz | 1.0 MB 00:00
Traceback (most recent call last):
File "/usr/bin/yum", line 29, in ?
yummain.user_main(sys.argv[1:], exit_code=True)
File "/usr/share/yum-cli/yummain.py", line 229, in user_main
errcode = main(args)
File "/usr/share/yum-cli/yummain.py", line 145, in main
(result, resultmsgs) = base.buildTransaction()
File "/usr/lib/python2.4/site-packages/yum/__init__.py", line 647, in buildTransaction
(rescode, restring) = self.resolveDeps()
File "/usr/lib/python2.4/site-packages/yum/depsolve.py", line 704, in resolveDeps
for po, dep in self._checkFileRequires():
File "/usr/lib/python2.4/site-packages/yum/depsolve.py", line 939, in _checkFileRequires
if not self.tsInfo.getOldProvides(filename) and not self.tsInfo.getNewProvides(filename):
File "/usr/lib/python2.4/site-packages/yum/transactioninfo.py", line 414, in getNewProvides
for pkg, hits in self.pkgSack.getProvides(name, flag, version).iteritems():
File "/usr/lib/python2.4/site-packages/yum/packageSack.py", line 300, in getProvides
return self._computeAggregateDictResult("getProvides", name, flags, version)
File "/usr/lib/python2.4/site-packages/yum/packageSack.py", line 470, in _computeAggregateDictResult
sackResult = apply(method, args)
File "/usr/lib/python2.4/site-packages/yum/sqlitesack.py", line 861, in getProvides
return self._search("provides", name, flags, version)
File "/usr/lib/python2.4/site-packages/yum/sqlitesack.py", line 43, in newFunc
return func(*args, **kwargs)
File "/usr/lib/python2.4/site-packages/yum/sqlitesack.py", line 837, in _search
for pkg in self.searchFiles(name, strict=True):
File "/usr/lib/python2.4/site-packages/yum/sqlitesack.py", line 43, in newFunc
return func(*args, **kwargs)
File "/usr/lib/python2.4/site-packages/yum/sqlitesack.py", line 586, in searchFiles
self._sql_pkgKey2po(rep, cur, pkgs)
File "/usr/lib/python2.4/site-packages/yum/sqlitesack.py", line 470, in _sql_pkgKey2po
pkg = self._packageByKey(repo, ob['pkgKey'])
File "/usr/lib/python2.4/site-packages/yum/sqlitesack.py", line 413, in _packageByKey
po = self.pc(repo, cur.fetchone())
File "/usr/lib/python2.4/site-packages/yum/sqlitesack.py", line 68, in __init__
self._read_db_obj(db_obj)
File "/usr/lib/python2.4/site-packages/yum/sqlitesack.py", line 94, in _read_db_obj
setattr(self, item, _share_data(db_obj[item]))
TypeError: unsubscriptable object

---

mikeh
19/05/09, 11:07
Google zegt er een hele hoop over;

Het volgende zou je kunnen helpen;

http://just-another.net/2008/11/22/centos-5-upgrade-and-yum/

Eeek! Got the same error when running yum makecache. Quick look at the traceback is somewhat obvious, the DB schema changed, but the DB didn’t get upgraded! Easy fix is to clear out your yum cache like so:

# cd /var/cache/yum
# rm -r *
And then you’ll want to regenerate your cache like so:

# yum makecache

anouk
19/05/09, 11:42
bedankt!

Blacky
23/05/09, 17:50
Ik had hetzelde probleem, alternatieve makkelijke oplossing:

yum clean metadata

Daarna werkt yum update ook weer gewoon.

Edit: Zie nu opeens, oude post die na 4 dagen opeens als nieuw werd aangegeven? Wellicht iemand iets geplaatst en weer gewist ofzo?

dreamhost_nl
24/05/09, 19:26
Edit: Zie nu opeens, oude post die na 4 dagen opeens als nieuw werd aangegeven? Wellicht iemand iets geplaatst en weer gewist ofzo?

Wellicht deze thread nog niet eerder bekeken?

nilix
10/01/10, 13:30
ja ik it nog steeds met zelfde probleem

na yum update
krijg ik

Loadong fastest mirrors
Traceback (most recent call last):
File "/usr/bin/yum", line 29, in ?
yummain.user_main(sys.argv[1:], exit_code=True)
File "/usr/share/yum-cli/yummain.py", line 229, in user_main
errcode = main(args)

enz. nog een stukje

na yum clean metadata
krijg ik
Loading "fastestmirror" plugin
10 metadata files removed

maar na dan weer yum update te doen
krijg ik weer
Traceback (most recent call last):
File "/usr/bin/yum", line 29, in ?
yummain.user_main(sys.argv[1:], exit_code=True)
File "/usr/share/yum-cli/yummain.py", line 229, in user_main
AttributeError: 'module'objesct has no attribute 'iterpaserse'


na rpm -qa | grep yum
yum-metadata-parser-1.1.2.2.el5
yum-fastestmirror-1.1.10.9.el5.centos
yum-3.2.8.9.el5.centos.2.1

iemand een idee hoe ik me yum weer goed krijg?
gebruik een remote system met directadmin er ook op maat dat moet niet uit maken.

iemand???

DutchTSE
10/01/10, 14:06
yum clean all

En de oplossingen die hier genoemd worden: %2C+exit_code%3DTrue%29&btnG=Zoeken&meta=&aq=f&oq=]yummain.user_main(sys.argv - Google zoeken

al geprobeerd?

nilix
10/01/10, 14:24
na yum clean all

Loading "fastestmirror" plugin
Cleaning up Everything
Cleaning up list of fastest mirrors


na update
ftp.nluug.nl already timed: 0.0132350921631
* ftp.nluug.nl : 0.013235 secs
mirrors.nl.kernel.org already timed: 0.0196089744568
* mirrors.nl.kernel.org : 0.019609 secs
mirror.leaseweb.com already timed: 0.01500415802
* mirror.leaseweb.com : 0.015004 secs
mirror.liteserver.nl already timed: 0.0116460323334
* mirror.liteserver.nl : 0.011646 secs
mirror.oxilion.nl already timed: 0.0150899887085
* mirror.oxilion.nl : 0.015090 secs
archive.cs.uu.nl already timed: 0.0166440010071
* archive.cs.uu.nl : 0.016644 secs
ftp.tudelft.nl already timed: 0.0165159702301
* ftp.tudelft.nl : 0.016516 secs
centos.mirror.transip.nl already timed: 0.0204229354858
* centos.mirror.transip.nl : 0.020423 secs
* extras: mirror.liteserver.nl
Excluding Packages in global exclude list
Terminated


na nog eens te doen
[root@3 pluginconf.d]# yum update
Loading "fastestmirror" plugin
Loading mirror speeds from cached hostfile
* base: mirror.liteserver.nl
* updates: mirror.liteserver.nl
* addons: mirror.liteserver.nl
* extras: mirror.liteserver.nl
Excluding Packages in global exclude list
Finished
Setting up Update Process
Killed

maar na yum upgrade krijg ik
[root@3 pluginconf.d]# yum upgrade
Loading "fastestmirror" plugin
Loading mirror speeds from cached hostfile
* base: mirror.liteserver.nl
* updates: mirror.liteserver.nl
* addons: mirror.liteserver.nl
* extras: mirror.liteserver.nl
Excluding Packages in global exclude list
Finished
Setting up Upgrade Process
Killed

en er worden geen upgrades gedaan

PeterT
10/01/10, 14:53
Heb je iets draaien dat lang draaiende processes killed?

Geert-Jan
10/01/10, 15:17
uname -a

nilix
10/01/10, 19:02
Heb je iets draaien dat lang draaiende processes killed?

uu nee niet dat ik weet kan ook niks vinden verder er over.

en uname -a geeft

Linux 3.nilix.net 2.6.18-028stab066.8 #1 SMP Fri Nov 27 20:19:25 MSK 2009 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux

iemand een idee??

ichosting
10/01/10, 19:12
uu nee niet dat ik weet kan ook niks vinden verder er over.



Daar lijkt het idd wel op. Ben je alle crons nagelopen?

nilix
10/01/10, 19:16
ja hoor en kan niks vinden dat het killed steeds.
vind ook niks op google er zo snel er over

ichosting
10/01/10, 19:23
Nu ja, er is toch echt iets die je opdracht killed. Staat er ook duidelijk onder :)

Excluding Packages in global exclude list
Finished
Setting up Upgrade Process
Killed

Welke crons heb je gezien? Ook die van apache bijvoorbeeld?

nilix
10/01/10, 19:32
in de file /etc/cron.deny staater

apache
webapps
in de file etc/cron.d/directadmincron


* * * * * root /usr/local/directadmin/dataskq
2 0-23/6 * * * root echo 'action=vacation&value=all' >> /usr/local/directadmin/$
#5 5 * * 0 root /sbin/quotaoff -a; /sbin/quotacheck -augm; /sbin/quotaon -a;
10 0 * * * root echo 'action=tally&value=all' >> /usr/local/directadmin/data/ta$
20 4 1 * * root echo 'action=reset&value=all' >> /usr/local/directadmin/data/ta$
0 4 * * * root echo 'action=check&value=license' >> /usr/local/directadmin/data$


/etc/cron.daily staan de files
logrotate
makewhatis.cron
mlocate.cron
rpm
tmpwatch


-tmpwatch


/usr/sbin/tmpwatch -x /tmp/.X11-unix -x /tmp/.XIM-unix -x /tmp/.font-unix \
-x /tmp/.ICE-unix -x /tmp/.Test-unix 240 /tmp
/usr/sbin/tmpwatch 720 /var/tmp
for d in /var/{cache/man,catman}/{cat?,X11R6/cat?,local/cat?}; do
if [ -d "$d" ]; then
/usr/sbin/tmpwatch -f 720 "$d"
fi
done


de rpm file

#!/bin/sh

/bin/rpm -qa --qf '%{name}-%{version}-%{release}.%{arch}.rpm\n' 2>&1 \
| /bin/sort > /var/log/rpmpkgs


de mlocate.cron file
#!/bin/sh
nodevs=$(< /proc/filesystems awk '$1 == "nodev" { print $2 }')
renice +19 -p $$ >/dev/null 2>&1
/usr/bin/updatedb -f "$nodevs"


makewhatis.cron

#!/bin/bash

LOCKFILE=/var/lock/makewhatis.lock

# the lockfile is not meant to be perfect, it's just in case the
# two makewhatis cron scripts get run close to each other to keep
# them from stepping on each other's toes. The worst that will
# happen is that they will temporarily corrupt the database...
[ -f $LOCKFILE ] && exit 0
trap "{ rm -f $LOCKFILE ; exit 255; }" EXIT
touch $LOCKFILE
makewhatis -u -w
exit 0

logrotate

#!/bin/sh

/usr/sbin/logrotate /etc/logrotate.conf
EXITVALUE=$?
if [ $EXITVALUE != 0 ]; then
/usr/bin/logger -t logrotate "ALERT exited abnormally with [$EXITVALUE]"
fi
exit 0



zie geen apache er bij staan of zo
of zoek ik verkeert?

ichosting
10/01/10, 19:34
Doe eens een crontab -e -u apache

nilix
10/01/10, 19:35
dan krijg ik dit

[root@3 cron.daily]# crontab -e -u apache
no crontab for apache - using an empty one
crontab: no changes made to crontab

ichosting
10/01/10, 19:38
Ok. Dan is die dus leeg.

Ik vind op google net (via zoektermen YUM KILLED) dat een killed probleem te maken kan hebben met een verkeerde versie van SQLITE. Misschien dat je daar eens naar zou kunnen kijken?

PeterT
10/01/10, 21:09
Draai je binnen een VPS of is het de hwnode?
Anyway, check eens je /proc/user_beancounters; ik heb het idee dat je je resources te boven gaat, dan worden de processen idd gekilled.

p.s. die kernel mag wel eens geupdate worden.

nilix
10/01/10, 21:50
sorry maar /proc/user_beancounters bestaat niet

en ja een update is nodig maar ja yum wil niet werken das het probleem

en ja ik draai binnen een vps met ook directadmin er op

ichosting
10/01/10, 21:55
Een losse update (dus een enkel pakket) lukt ook niet?

yum clean all
yum update python-sqlite

nilix
10/01/10, 21:59
[root@3 cron.daily]# yum clean all
Loading "fastestmirror" plugin
Cleaning up Everything


[root@3 cron.daily]# yum update python-sqlite
Loading "fastestmirror" plugin
Determining fastest mirrors
Traceback (most recent call last):
File "/usr/bin/yum", line 29, in ?
yummain.main(sys.argv[1:])
File "/usr/share/yum-cli/yummain.py", line 105, in main
result, resultmsgs = base.doCommands()
File "/usr/share/yum-cli/cli.py", line 289, in doCommands
self._getTs()
File "/usr/lib/python2.4/site-packages/yum/depsolve.py", line 85, in _getTs
self._getTsInfo()
File "/usr/lib/python2.4/site-packages/yum/depsolve.py", line 91, in _getTsInfo
self._tsInfo.setDatabases(self.rpmdb, self.pkgSack)
File "/usr/lib/python2.4/site-packages/yum/__init__.py", line 537, in <lambda>
pkgSack = property(fget=lambda self: self._getSacks(),
File "/usr/lib/python2.4/site-packages/yum/__init__.py", line 392, in _getSacks
self.repos.populateSack(which=repos)
File "/usr/lib/python2.4/site-packages/yum/repos.py", line 214, in populateSack
self.doSetup()
File "/usr/lib/python2.4/site-packages/yum/repos.py", line 66, in doSetup
self.ayum.plugins.run('postreposetup')
File "/usr/lib/python2.4/site-packages/yum/plugins.py", line 169, in run
func(conduitcls(self, self.base, conf, **kwargs))
File "/usr/lib/yum-plugins/fastestmirror.py", line 90, in postreposetup_hook
repomirrors[str(repo)] = FastestMirror(repo.urls).get_mirrorlist()
File "/usr/lib/yum-plugins/fastestmirror.py", line 142, in get_mirrorlist
self._poll_mirrors()
File "/usr/lib/yum-plugins/fastestmirror.py", line 155, in _poll_mirrors
pollThread.start()
File "/usr/lib64/python2.4/threading.py", line 416, in start
_start_new_thread(self.__bootstrap, ())
thread.error: can't start new thread

[root@3 cron.daily]#

Geert-Jan
10/01/10, 22:06
Deze graag beantwoorden:

Draai je binnen een VPS of is het de hwnode?


Daarna: geen yum update whatever meer doen, 1tje te veel en je verneu... je DA configuratie.

Volgende vraag: what heb je van DutchTSE nagezien?

Wat gebeurt er bij


yum clean all
rm -f /var/lib/rpm/__db*
rpm --rebuilddb
yum update

?

nilix
10/01/10, 22:11
ja ik draai binnen een vds maar moest er van af wijken de parrels update software had een fout zelf met perl
daarom moet je die met de hand verwijderen.

DutchTSE ken ik niet


[root@3 cron.daily]# yum clean all
Loading "fastestmirror" plugin
Cleaning up Everything
[root@3 cron.daily]# rm -f /var/lib/rpm/__db*
[root@3 cron.daily]# rpm --rebuilddb
[root@3 cron.daily]# yum update
Loading "fastestmirror" plugin
Determining fastest mirrors
Traceback (most recent call last):
File "/usr/bin/yum", line 29, in ?
yummain.main(sys.argv[1:])
File "/usr/share/yum-cli/yummain.py", line 105, in main
result, resultmsgs = base.doCommands()
File "/usr/share/yum-cli/cli.py", line 289, in doCommands
self._getTs()
File "/usr/lib/python2.4/site-packages/yum/depsolve.py", line 85, in _getTs
self._getTsInfo()
File "/usr/lib/python2.4/site-packages/yum/depsolve.py", line 91, in _getTsInfo
self._tsInfo.setDatabases(self.rpmdb, self.pkgSack)
File "/usr/lib/python2.4/site-packages/yum/__init__.py", line 537, in <lambda>
pkgSack = property(fget=lambda self: self._getSacks(),
File "/usr/lib/python2.4/site-packages/yum/__init__.py", line 392, in _getSacks
self.repos.populateSack(which=repos)
File "/usr/lib/python2.4/site-packages/yum/repos.py", line 214, in populateSack
self.doSetup()
File "/usr/lib/python2.4/site-packages/yum/repos.py", line 66, in doSetup
self.ayum.plugins.run('postreposetup')
File "/usr/lib/python2.4/site-packages/yum/plugins.py", line 169, in run
func(conduitcls(self, self.base, conf, **kwargs))
File "/usr/lib/yum-plugins/fastestmirror.py", line 90, in postreposetup_hook
repomirrors[str(repo)] = FastestMirror(repo.urls).get_mirrorlist()
File "/usr/lib/yum-plugins/fastestmirror.py", line 142, in get_mirrorlist
self._poll_mirrors()
File "/usr/lib/yum-plugins/fastestmirror.py", line 155, in _poll_mirrors
pollThread.start()
File "/usr/lib64/python2.4/threading.py", line 416, in start
_start_new_thread(self.__bootstrap, ())
thread.error: can't start new thread

[root@3 cron.daily]#

Geert-Jan
10/01/10, 22:20
nilix,

als je de vragen niet leest, krijg je ook de antwoorden niet he....
83 postings verder ga je eindelijk vertellen dat je met een parallel vps werkt, waarvoor de kernel anders werkt dan op een hwnode.
Ik stop dus met commando's geven....

En DutchTSE: tja, kweet niet, maar volgens mij......

nilix
10/01/10, 22:24
maar wat??

het eerste punt waar in het begin hier waren over de yum die niet werkt blijft he.

Tim.Bracquez
11/01/10, 07:04
Maak even een toppic dat je iemand nodig hebt (in het juiste forum) om dit op te lossen. Blijkbaar heb je er niet zoveel kaas van gegeten en roept er iemand 'niet meer yum update doen omdat je dan je DA config kan vern**ken' en toch doe je het (stel je yum config staat geen exclude meer bij en dan gaat die alles van je directadmin overschrijven.

Beetje gevaarlijk niet?

PeterT
11/01/10, 08:10
Je gaat over je allotted resources heen. Bij een Virtuozzo en/of OpenVZ VPS betekent dit dat je weldegelijk een `cat /proc/user_beancounters moet kunnen uitvoeren. Echter kun je ook simpelweg proberen je VPS opnieuw op te starten en dan nog eens proberen je yum update uit te voeren. Hierdoor worden je beancounters namelijk gereset.

DutchTSE
11/01/10, 08:15
DutchTSE ken ik niet


:crying:

Hij doelde op deze post: http://www.webhostingtalk.nl/technische-vragen-van-beginners/149604-centos-yum-update-error.html#post1115440

Waar een link staat naar Google met nog veel meer oplossingen. Maar dan moet je er wel zelf energie in steken...