PHP heeft genoeg mogelijkheden om de whois rechtstreeks te doen op de betreffende whois-server dmv sockets. Ik zie niet in waarom iedereen blijft gebruik maken van die whois-scripts die de whois-binary uitvoert op de server
Een whois uitvoeren is gewoon verbinden met de whoisserver op de juiste poort, even de domeinnaam ernaartoe schrijven en het resultaat wordt weergegeven. Alleen moet je wel een lijst hebben met de servers voor de verschillende TLD's en zelf uitmaken naar welke je moet verbinden.
Die bug komt gewoon voor omdat er blijkbaar geen inputvalidation plaatsvindt en simpelweg exec("whois $domein") gedaan wordt.
Het maakt overigens niet uit of je php3 of 4 gebruikt