Dat hangt ook weer van de load van de website af. Maar je kan overwegen om de video's 's nachts te coderen (aangenomen dat je overdag de meeste bezoekers hebt).
Maar als de website niet veel resources nodig heeft dan kan het prima op de server zelf. Voorkeur zou toch een externe server zijn indien mogelijk, wellicht kan je een VM inzetten (let wel dat niet iedereen toestaat dat de VM altijd 100% gebruikt) ? Zorg er wel voor dat de videos niet tegelijk gecodeerd worden, dat is echt merkbaar.