Het ligt er allemaal maar net aan wat je doelen zijn.
Voor gameservers zou ik Linux gebruiken, ook voor de meeste site's zou ik Linux gebruiken.
Echter als je zware e-commerce site's wil draaien zou ik toch voor windows 2000 gaan met een msSQL database, dit is gewoon mijn voorkeur ik zie te veel sites die op Linux draaien die een mySQL error hebben.
Windows eet relatief gezien een stuk meer geheugen dan Linux dit omdat Windows ook een grafische schil in geheugen moet laden, en Linux heeft dit nadeel? niet.
Ook heb ik begrepen dat Linux nagenoeg geen swap file gebruikt. (men moet mij maar corigeren als ik het fout zeg)

Zelf draai ik windows 2000 advanced server en die swapped (tot nog toe) ook nagenoeg niet.
Kortom voor de meeste gevallen is Linux een mooi en goedkoop alternatief.